Biologia molecolare

L'introduzione di un codone di stop prematuro nell'ultimo esone può indurre
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L'introduzione di un codone di stop prematuro nell'ultimo esone può indurre
Alla degradazione di mRNA e/o sintesi di una proteina tronca
Quale DNA pol nei batteri sintetizza i filamenti di DNA durante la replicazione e fa parte di un complesso che funziona come un grosso complesso replicativo?
DNA pol III
Di quante volte l'attività di "correzione delle bozze" aumenta la fedeltà di DNA polimerasi?
Cento
Sigma 70
fa riconoscere promotore batterico a RNA pol riconoscendo in sequenza -10 e -35
Il termine processività della DNApol sottende al fatto che:
aggiunge un elevato numero di nucleotidi senza staccarsi
Relativamente alla duplicazione negli eucarioti, in fase S:
Si attivano i complessi di pre inizio
Nonostante i numerosi controlli effettuati dai sistemi cellulari per impedire l'incorporazione di nucleotidi errati nel DNA in replicazione, alcuni errori possono avvenire, in generale, qual è la conseguenza di questi errori?
Positiva, portano a mutazioni casuali che sono alla base dell'evoluzione
Chi media l'invasione del filamento nella ricombinazione omologa?
RecA
La subunità sigma della RNA batterica
Riconosce i siti promotori del DNA
La complementarieà di appaiamento nel DNA è una conseguenza:
Di dimensioni, forma e composizione chimica delle basi azotate.
Quale tipo di riparazione del DNA rimuove, attraverso un meccanismo taglia e ripara, una varietà di lesioni ingombranti, come dimeri di pirimidine e nucleotidi ai quali siano stati attaccati gruppi chimici diversi?Riparazione per escissione di nucleotidiLa denaturazione della doppia catena del DNA segue un andamento:SigmoideNel sistema di riparazione per escissione di nucleotidi UvrD:Svolge attività elicasicaChi processa le estremità dopo DSB?RecBCDUna delle seguenti 5 affermazioni che descrivono il modello di Watson e Crick per il DNA a doppio filamento non è vera, quale?I due filamenti di DNA si intreccuani in modo tale che possani essere separati senza svolgere il filamento complementareA seguito della trascrizione di un segmento di DNA in cui un'emielica ha sequenza 5'ATTCGGAT3' si ottiene:un filamento di RNA con sequenza 5'AUUCGGAU3'Qual è il vantaggio della riparazione accoppiata alla trascrizione?Permette di fare due cose insiemeIl sito attivo di DNA pol si trova:Nel palmoQual è la forza PRINCIPALE che tiene insieme i due filamenti della doppia elica?Interazioni idrofobicheSe un filamento di DNA, leggendo in direzione 5'-3', la sequenza nucleotidica è GCC, la sequenza nucleotidica del filamento complementare, sempre nella direzione 5'-3' è:GGCDurante la trascrizione:Il filamento stampo è letto in direzione 3'-5'Qual è il meccanismo più comune per la riparazione di rotture della doppia elica del DNA?Ricombinazione omologase esistesse un tRNA per ogni codone che specifica per un amminoacido, quanti tRNA differenti dovrebbero esistere?61quali tipi di molecole si legano alle regioni centrali del promotore (core del promotore ) in associazione con le RNA polimerasi?I fattori generali di trascrizioneQuale DNA pol eucariotica si pensa sia il principale enzima responsabile della sintesi del DNA durante la replicazione del filamento lento (lagging)?DNA pol deltaLe elicasi si assemblano attorno a:Al singolo filamentoRecA agisce all'interno di:Complesso ribonucleoproteicoQuale affermazione è corretta:Il solco maggiore è il più informativoLa acetilazione delle lisine sulle code istoniche tende a:Decondensare la cromatinaTutte le seguenti affermazioni riguardanti affermazioni riguardanti l'operon lattosio di E.coli sono vere ECCETTO una, quale?CAP e RNA pol non possono legarsi all'operone lac contemporaneamentela proteina Lac nella regolazione dell'operone del lattosio:Lega l'operatore quando non c'è allolattosioLa DNA glicosilasi:Idrolizzano il legame n glicosidico tra ribosio e base azotataLa deamminazione della 5-metilcitosina porta a:TiminaSe i tagli per la risoluzione di due chiasmi adiacenti avvengono secondo direzioni diverse i prodotti sonoRicombinantiLe code metilate possono essere riconosciute da proteine con:CromodominioQuale delle seguenti affermazioni circa il superavvolgimento del DNA sono vere? 1. il DNA super avvolto differisce dal DNA rilassato nel numero di legame 2. il DNA super avvolto può essere rilassato attraverso l'azione di topoisomerasi 3. tutto il DNA nella cellula e super avvolto positivamente1 e 2Le code fosforilate degli istoni possono essere riconosciute da proteine con:Nessuno di questiNel sistema di riparazione per escissione di nucleotidi, UvrC:Taglia a monte e a valle del danno un filamentoIl foro centrale della elicasi ha un diametro di:13AQuale azione si pensa possa essere compiuta dal CTD della polimerasi nel momento in cui viene fosforilato?Si pemnsa possa reclutare un'ampia gamma di fattori di processamentoIn che organismi nella fase di inizio della traduzione si effettua lo scanning del 3'UTR?Non avviene mai questo processoLa base modificata inosina si può trovare a livello di:Prima base dell'anticodoneIl fattore di riciclo interviene nella:Terminazione della traduzione dei batteriLe proteine hnRNA possiedonoRNA binding domainIl tRNA-met iniziatore accede:Al sito P prima dell'assemblaggioI determinanti di specificità di aa-tRNA sintetasi per tRNA sono:Possono essere dappertutto a seconda del tRNAIn che maniera i fattori di rilascio prendono contatto con il sito A del codone di stop?fattori di rilascio possiedono una sequenza conservata terminale di tre amminoacidi che interagiscono direttamente con il codone di stopU4 riconosce:Nessuno di questiDopo che si legato al 5'terminale dell'mRNA, il complesso pre-inizio 43S scorre lungo il messaggero fino a quando raggiunge una sequenza di nucleotidi nota, quale?5'-CCACCAUGC-3'Nella reazione catalizzata dalla aa-tRNA sintetasi si forma:aa-AMPIl sito di legame al fattore interagisce con:TuttiChi aumenta l'efficienza della traduzione?Poli AChi lega il tatabox?TF2DChe attività ha il TF2D?riconosce e lega la proteina TATABOXChe attività ha il TFIIH?Elicasica e chinasicaDifferenza tra topoisomerasi I e II:Topoisomerasi I→un taglio solo. Topoisomerasi II→entrambi filamentiQuanti giri di DNA c'è attorno ad un istone?1,65DNA linker:Si trova tra un nucleosoma e l'altro.Quante basi ci sono attorno al nucleasoma?145-150 (147)Chi si lega al DNA linker nella struttura del DNA a 30nm?H1Che effetto ha l'acetilazione delle code istoniche sulla condensazione della cromatina?La lisina acetilata perde la carica positiva e la cromatina passa da 30nm a 10 nmLe proteine che hanno un bromodominio che tipo di modificazioni delle code istoniche riconoscono?Acetilazione (cromodominio→metilazione)L'istone H1 in che tipo di struttura della cromatina è coinvolto?Nel filamento a 30 nmQual è una delle cause principali dell'errore della duplicazione?La tautomeriaCosa porta la fedeltà da 10-5 a 10-7 durante la duplicazione?Attività di proofreading e correzione di bozzeA che velocità viaggia la DNA pol?1000 nucleotidi al secondoQual è la stuttura della DNA pol?- Palmo: ha il sito attivo con B-foglietto all'interno del quale ci sono due cationi bivalenti, uno che scherma le cariche negative del nucleotide entrante e uno che rende nucleofilo l'OH. - Dita: accolgono il nucleotide entrante. - Pollice: stabilità del complesso che sta entrando.Elicasi:È un esamero con 6 subunità che hanno la capacità di legare con un'ansa un ribosio ai due fosfati.Quante DNA pol sono presenti nel modello a trombone?3Riparazione del DNA: meccanismo di riparazione dei mismatch?-MUTS: riconosce. -MUTH: taglia.Chi fa l'incisura in un mismatch?Procarioti: MutH Eucarioti: inizia l'attività endonucleasica a partire dai frammenti di Okazaki del filamento lagging, del leading non si sa ancora nulla.Grazie a cosa avviene la trascrizione in E.coli attraverso l'operone lac?Proteina CAP che si lega al cAMP (metabolita prodotto in assenza di glucosio) e vanno ad attivare i geni strutturali dell'operone LacZ, LacY e LacBIl t-RNA met si attacca a che sito?Sito PRna splicing dove?Nel nucleo 5'Rna capping dove?Nel nucleoPoliadenizzazione dove?Nel nucleoTrascrizione dove?NucleoTraduzione dove?RibosomiChi permette la risoluzione del chiasma?RuvC(taglia in un verso->no ricombinazione; taglio in 2 versi->ricombinazione)Come fa la DNA pol a discriminare le basi con appaiamenti sbagliati?ProofreadingMettere in ordine le fasi della sostituzione del nucleotide sbagliato:1) uvrAB ricnosce l'errore. 2) uvrB cambia conformazione mentre lo riconosce. 3) uvrC effettua l'incisura dove questo è presente e quindi ha attivitàesonucleasica 4) uvrD separa i filamenti e fa dissociare uvrC. 5) Agisce un endonucleasi che rimuove l'errore e poi DNA pol e DNA ligasi.Chi è il mediatore per la migrazione del chiasma?RuvABDove si trova la sequenza Shine-Dalgarno?Solo nei procarioti ed è complementare all'rRNA 16SQual è l'attività della topoisomerasi I?Rottura di un singolo filamento per far passare quello integro attraverso la rottura per poi ricostruire le estremità del pezzo rottoCosa fa RuvA?Riconosce la struttura della giunzione di Holliday legandosi a tutti e quattro filamenti di DNA nel punto di crossing-overCosa fa RuvB? (elicasi)Srotola il DNA e fa muovere la giunzione (motore della migrazione).Sigma 70 in che processo è coinvolto?Nella fase di inizioCompito di sigma 70?Riconosce il promotore e denatura il DNALa deaminazione della citosina porta alla formazione di:UracileDurante la trascrizione:Il filamento stampo è letto in direzione 3'-5'Tutte vere ECCETTO? Su filamenti complementari di DNA:Il contenuto di pirimidine di ogni filamento è lo stessoIl DNAa ha attività:ATPasicaNello splicing mediato da spliceosoma, la prima reazione di transesterificazione coinvolge:2'OH di adenina del punto di ramificazione su fosfato del legame fosfodiesterico tra introne ed esone a monteLa comparsa di uracile sulla doppia catena di DNA viene risolta attraverso:DNA glicosilasi specificaRecAProteina singolaQuante aa-tRNA esistono?20Che cosa succede nello stesso momento in cui avviene la rimozione del primer di RNA da parte dell'attività 5'-3' esonucleasica della DNA polimerasi?L'interruzione lasciata dalla rimozione del primer di RNA viene riempita con desossiribonucleotideIn fase di allungamento della traduzione, aa-tRNA è scortato da:EF-Tu-GTPDurante la sintesi del RNA quanti nucleotidi rimangono appaiati alla molecola di DNA del complesso ibrido DNA-RNA proprio il sito su cui sta operando la RNA polimerasi:Circa 9Quale fattore di inizio batterico è ritenuto una proteina che lega GTP?EF-GLa DNA glicosilasi interviene in:Riparazione per escissione di basiSull'origine di replicazione appena replicata dai batteri si lega:Seq ALa stabilità del DNA a doppia elica è dovuta:A legami idrogeno tra basi complementari, interazioni idrofobiche e raggi di van der Waals favorevoliIn che modo la DNA pol discrimina tra l'inserimento di basi corrette e non corrette nel corso della replicazione del DNA?Se la nuova coppia di basi mostra una geometria impropria (in forma e dimensione), il sito attivo della polimerasi non può adottare la conformazione richiesta per la catalisi e il nucleotide non corretto non è incorporatoDurante il processo di trascrizione nei procarioti l'apertura della doppia elicadi DNA:È favorita termodinamicamente grazie all'interazione tra la regione due di sigma 70 e il DNA ssLa telomerasi ha attività:trascrittasi inversa all'estremità 3' del telomeroL'ibrido DNA-RNA ha una struttura:Forma A della doppia catenaIn fase G1 i livelli di chinasi ciclica dipendenti sonoBassiIl complesso del mediatore:Consente la regolazione trascrizionale negli eucariotiI vettori plasmidi contenenti la sequenza genica codificante per la proteina luciferasi:possono essere impiegati in biologia molecolare per analizzare la potenziale attività regolativa di una specifica regione promotriceIn meiosi, la rottura della doppia elica è generata da:Spo11La trascrizione nei procarioti:Inizia dopo la formazione del complesso aperto generando una serie di corti trascrittiNella traslocazione interviene:EF-G-GTPLe proteine hnRNA possiedono:Solo RNA binding domainLe proteine hnRNPSilencers esonici e introniciQuante aa-tRNA sintetasi esistono?20Durante la fase di allungamento della trascrizione:la bolla trascrizionale coinvolge 9 nucleotidi, procede in senso 5'-3' e talvolta indietreggia di un nucleotide consentendo la correzione mediante editing idrolitico o pirofosfoidroliticoCosa succede nello stesso momento in cui avviene la rimozione del primer di RNA da parte dell'attività 5'- 3' esonucleasica della DNA polimerasi I?L'interruzione lasciata dalla rimozione del primer di RNA viene riempita da desossiribonucleotidiNella denaturazione termica del DNA a doppia elica:il valore di Tm di solito dipende dal contenuto di G+C del DNANei procarioti i motivi TTGACA e TATAAT sono:Sequenze posizionate rispettivamente a -35 e -10La replicazione della cromatina eucariotica:È caratterizzata dalla segregazione conservativa di tetrameri H3 H4, preeisistenti alla forca replicativaPerché una doppia elica intatta e lineare è uno stampo efficace per la DNA polimerasi?Ha un gruppo ossidrile in 3' ma non ha uno stampo (o ha )Nel sistema di riparazione per escissione di nucleotidi UvrABRiconosce il dannoQuale modificazione chimica si osserva sulla prima metionina di una catena polipeptidica procariotica?Aggiunta di un gruppo formileIl CAP negli mRNA eucariotici è legato da:eIF4Ogni molecola di tRNA:Subisce solo l'azione di RNAsi specifiche e di enzimi deputati all'introduzione di modificazioni chimicheLa terminazione della trascrizione negli eucarioti avvieneNon ha sequenze di terminazione specifiche ed è strettamente correlata con i processi di maturazione dell'mRNANei procarioti il sito sul DNA in cui si lega il repressore si chiamaOperatoreNella reazione di amplificazione del DNA mediante PCR quantitativa il Cq, o Ct, cosa rappresenta?Il ciclo sogliaU2 riconosceSito di ramificazioneI vettori plasmidi contenenti la sequenza genica codificante per la proteina luciferasipossono essere impiegati in biologia molecolare per analizzare la potenziale attività regolativa di una specifica regione promotriceNella fase G1 i livelli di chinasi ciclina-dipendenti sonoBassiLe maggiori somiglianze fra codoni che specificano per lo stesso amminoacido sono visibili:Nei primi due nucleotidi della triplettaUn segmento di DNA ha la seguente sequenza: pTpApCpGpTpGpC-H. Quale delle sequenze riportate sotto sarebbe complementare a questo filamento di DNA?pGpCpApCpGpTpA-HIndicare dove avvengono i seguenti processi in una cellula eucariotica scegliendo la corretta associazione:traduzione-ribosomi; trascrizione-nucleo, RNA capping-nucleo, RNA splicing-nucleo, poliadenilazione-nucleoLo splicing degli introni:Prevede due reazioni di transesterificazioneSeqA si lega a:OriC emi-metilatoNei batteri, MutS taglia:Non tagliaQual è l'induttore reale dell'operone Lac?L'allolattosioLa proteina dimerica CAP attiva la trascrizione del Lac-Operon dopo avereInteragito con cAMPLe CpG island:sono sequenze ripetute di CGCGCG(n) presenti principalmente nella regione prossimale dei promotori eucarioticiCiascuna delle seguenti affermazioni riguardanti i filamenti complementari di DNA è vera ECCETTO:Il contenuto di pirimidine di ogni filamento è lo stessoLa tecnica del Footprintingconsente di individuare precisamente il tipo di proteina che interagisce col DNALa telomerasi ha attivitàTrascrittasi inversa all'estremità 3' del telomeroNello splicing mediato da spliceosoma, la prima reazione di transesterificazione coinvolge:2' OH di adenina del punto di ramificazione su fosfato del legame fosfodiesterico tra esone a monte ed introneQual è l'ordine corretto delle fasi coinvolte nella riparazione per escissione di nucleotide? 1) rimozione del segmento di DNA danneggiato compreso tra le incisioni 2) chiusura del filamento da parte della DNA ligasi 3) riconoscimento della lesione 4) separazione dei due filamenti del duplex nella regione della lesione in preparazione della sua rimozione 5) riempimento della lacuna con DNA polimerasi 6) legame delle subunità XPB e XPD di TFIH al DNA nella regione della lesione 7) taglio del filamento danneggiato a entrambe le estremità della lesione da parte di endonucleasi3-6-4-7-1-5-2Il processo dell'mRNA cappingprevede l'azione di fosfoidrolasi guanitransferasi e metiltransferasiTutte le seguenti affermazioni relative alla replicazione del DNA di E. coli sono vere ECCETTO una, quale?La replicazione inizia in siti di origine multipliIl filamento di DNA in crescita verso la forcella di replicazione cresce in modo______ in direzione 5'-3' con l'avanzare della forcella di replicazione, ed è chiamato _______.Continuo, filamento guidaIl meccanismo di controllo allosterico di CAP si basa:1 sulla variazione conformazionale della proteina CAP. 2 dopo avere interagito con CAMP. 3 consentendo l'interazione con la doppia elica di DNA. 4 a seguito del riallineamento delle due alfa eliche che si posizionano esattamente a 34 angstrom l'una dall'altraNella deamminazione sito-specificaUna molecola di citidina viene trasformata in uridinaL'inattivazione di un cromosoma X nel sesso omogametico (effetto Lyon) fa si che:In tutte le cellule delle femmine eterozigoti si esprimano gli alleli recessivi del cromosoma XNella rimozione degli introni di tipo Il:è un meccanismo di self-splicing in cui interviene una adenina del punto di ramificazione con il suo 2'OHU1 riconosce:Sito donatore in 5'Le proteine SR legano:Enhancer esonici e introniciLa regione 2.3 del fattore sigma 70:È responsabile della apertura del DNAIl complesso RISC è coinvolto:Nella specificità dell'mRNA cleavageLa presenza della coda poly-A determina:Un aumento della stabilità degli mRNA eucarioticiLa trascrizione nei procarioti:inizia dopo la formazione del complesso aperto garantendo immediatamente mRNA abortiviI vettori plasmidici contenenti la sequenza araBAD dell'operon dell'arabinosio sono spesso usati in biologia molecolare:Per analizzare l'attività di potenziali sequenze regolative o promotriciIn che modo la DNA polimerasi discrimina tra l'inserimento di basi e non corrette nel corso della replicazione del DNA?Se la nuova coppia di basi mostra una geometria impropria (in forma e dimensioni), il sito attivo della polimerasi non può adottare la conformazione richiesta per la catalisi e il nucleotide non corretto non è incorporatoQuale delle seguenti molecole di DNA può essere utilizzata come stampo efficace per la sintesi di DNA?DNA intatto lineare a doppio filamentoLo spliceosoma:è un complesso di piccoli RNA nucleari (snRNA) che, legando alcune proteine, formano particelle ... nucleari piccole (snRNP) che catalizzano lo splicingChi media la migrazione del chiasma?RuvABI dimeri di timina possono essere riparati direttamente da:DNA fotoliasiNella replicazione del cromosoma batterico dove termina la replicazione?Dalla parte opposta del cromosoma circolare rispetto all'origineA causa dei gruppi fosfato il DNA è:AcidoLe metiltransferasi possono agire per:Riparazione direttaL'istone H1:aiuta a ripiegare la struttura a collana di perle in strutture di ordine superioreIl meccanismo di riconoscimento dell'AUG d'inizio traduzione:C'è sia nei procarioti che negli eucariotiIl southern blotting sfrutta:Ibridazione tra acidi nucleiciWestern botting sfruttaAnticorpiAllolattosio legaRepressore lacI micro RNA sono processati daDicer (e drosha?)Se voleste far esprimere una vostra sequenza in cellule del fegato, usereste un plasmide che contiene:Promotore di albumina a monte della vostra sequenza codificante di interesseGeneralmente le proteine che legano sequenze specifiche di DNAAccedono al solco maggiore ed interagiscono con l'alfa elicaLa comparsa di uracile sulla doppia catena di DNA viene risolta attraverso:DNA glicosilasi specificaIl lac repressor e la proteina cap:Sono proteine regolative che interagiscono col DNA mediante il motivo helix-turn-helixla terminazione della trascrizione nell'attenuazione dell'operon del triptofano avviene quando:c'è triptofano e si forma la forcina tra regioni 3 e 4condense meditation decay in cosa consiste:degradazione mRNA maturo in presenza di codone di stop prematurohelix-turn-helix e Zn-finger sono esempi di:DNA binding motifil fattore trascrizionale NFATagisce dopo essere stato defosforilatopartendo da un pre-mRNA con quattro esoni, quale di questi prodotti NON è frutto di splicing alternativo:Ex2-Ex3-Ex4per trans-splicing si intende:Splicing che avviene tra due ore-mRNA differentinella regolazione della trascrizione eucariotica che cosa rappresenta il cis-element:La sequenza del DNA (detta anche binding site) riconosciuta in modo specifico da un determinato fattore trascrizionalele sequenze enhancer:Sono posizionate nella regione distale del promotore eucariotico e interagiscono con proteine regolative generando talvolta un complesso denominato enhanceosomaquali delle seguenti è una caratteristica generale di DNA e RNA:formano coppie G-C complementariquale regione della DNA polimerasi interagisce con un nucleotide entrante:Le ditada dove derivano le sequenze spaziatrici nel sistema CRISPR-Casda regioni di un genoma fagicola TATA binding protein (TBP):È una proteina regolativa che interagisce col solco minore del DNA cambiandone la conformazioneQual è la funzione della proteina NtrC nei procarioti?Regolare la trascrizione di proteine coinvolte nel metabolismo dell'azoto